De controles worden uitgevoerd door de overheid of door de afnemer, ofwel door onafhankelijke certificeringsinstellingen (OCI’s). Deze instellingen verlenen een certificaat waaruit blijkt dat de eisen uit bedoelde sectorgids of commercieel lastenboek nageleefd worden. Deze controles worden uitgevoerd op basis van checklijsten die de beknopte inhoud van de lastenboeken weergeven. 

De certificering betekent voor de overheid en de afnemers een vereenvoudiging van de controles en garandeert dat de geleverde producten beantwoorden aan de normen uit de lastenboeken.
Om een betere kwaliteit te garanderen in de plantaardige en dierlijke keten is het van belang dat de certificatie gemakkelijk en toegankelijk is voor de landbouwer en bijgevolg eenvoudig, haalbaar, betaalbaar en controleerbaar is. Daarom wordt er over het algemeen slechts één keer om de drie jaar een controle uitgevoerd. Sommige lastenboeken vereisen een jaarlijkse controle (bv. Belplume in de pluimveesector).
 
Wat de Vegaplan/Codiplan certificatie betreft zijn 10 onafhankelijke certificeringsinstellingen (OCI’s) bevoegd om de audits uit te voeren. Vegaplan heeft, in samenwerking met de overheid, een integriteitsprogramma ontwikkeld om de kwaliteit te verzekeren van de controles uitgevoerd door de OCI’s.
Bij « business to consumer » systemen kan het gecertificeerde product dankzij een label (bv. Belbeef) door de consumenten worden herkend. Er bestaan ook certificeringssystemen die niet naar de consument toe worden gepromoot, omdat zij tussen de producenten en de afnemers toegepast worden. Dit zijn de « business to business » systemen. Dit is het geval voor de Vegaplan en Codiplan systemen.